据中国疾病预防控制中心统计，我国35个主要城市中仅有23.9%的居民饮水符合卫生标准。超标情况见下表：

    水源水质污染已从生物污染（病原性微生物）为主转化为以化学污染，尤其是有机化学污染为主。自来水生产的传统工艺无法解决化学污染。随着水源水质污染日趋严重，自来水水质不断下降。据WHO报道，部分国家和地区水中含有害有机物766种，其中20种确认致癌，24种可疑致癌，18种助癌促癌，47种为Ames试验致突变物，以上109种有机物对人体明显有害。

    自来水厂水处理工艺中有加氯预氧化和加氯杀菌，但氯会与水中的有机物（如腐殖酸、富里酸等）反应生成三卤甲烷、四氯化碳、卤乙酸等新的更为强烈的有机污染物，致使自来水的致癌、致突变性比天然水更为强烈。

    一些介水传染的原生动物如隐孢子虫、贾弟氏虫等，对氯逐渐产生免疫力，它们致使饮水者患周期性腹泻和肠胃炎。

    饮用水中的抗生素、激素、内分泌干扰物等新型污染物已引起广泛重视，它们也是自来水工艺无法去除的。水中的抗生素使致癌菌产生抗药性，良药不再有效；内分泌干扰物可干扰动物和人体内一些激素的合成或代谢作用，饮用此水后，妇女易患乳腺癌，男性精子数目下降和睾丸癌发病率上升。

    由湖泊水、水库水、山泉水制得的自来水中含有藻毒素，按其结构和毒性可分为多肽毒素、生物碱毒素和其他毒素三类，它们有的是促癌剂（如肝癌），有的会引起肠胃炎，有的会使人中毒。

    自来水从水厂输出后，需经过漫长的输水管网才能送至用户，特别是某些高层的屋顶水箱，存在着十分严重的“二次污染”。